Virus Nipah au Cambodge : alerte aux frontières écologiques et climatiques

Le virus Nipah ne se propage pas selon des vagues prévisibles ni des schémas saisonniers. Il émerge aux lignes de fracture entre l’écologie, le climat et les comportements humains — apparaissant souvent seulement après avoir franchi la barrière entre les animaux et les humains. Pour le détecter plus tôt, les scientifiques repensent la surveillance des maladies elle-même, en déplaçant l’attention des services hospitaliers vers les gîtes de chauves-souris, les systèmes d’eaux usées et les paysages en mutation rapide où le risque de transmission interespèces se construit silencieusement.

À travers l’Asie du Sud et du Sud-Est, les chercheurs combinent désormais la surveillance environnementale — en particulier l’analyse des eaux usées et des eaux de surface — avec l’écologie des chauves-souris, les données sur l’utilisation des terres et l’analyse climatique. L’objectif est de détecter des signes précurseurs de la circulation du virus Nipah avant l’apparition de cas humains, offrant ainsi la possibilité d’intervenir en amont plutôt que de réagir après que des flambées deviennent mortelles.

Alors que la déforestation, l’expansion agricole et la perte d’habitats due au climat forcent les chauves-souris frugivores du genre Pteropus à se rapprocher toujours davantage des exploitations agricoles, du bétail et des établissements humains, les scientifiques avertissent que les anciens modèles de surveillance ne suffisent plus. La réponse consiste en un changement de perspective — tenter de détecter les signaux viraux dans l’eau, le sol et d’autres échantillons environnementaux, tandis que les chercheurs de terrain suivent les gîtes, les déplacements et les interactions quotidiennes des chauves-souris dans des paysages de plus en plus fragmentés par l’activité humaine.

« Alors pourquoi le Nipah remet-il réellement en question la manière dont nous faisons habituellement de la surveillance ? » s'est demandé demandé Erik Karlsson, responsable de l’unité de virologie à l’Institut Pasteur du Cambodge. « Une partie du problème est qu’il ne se comporte tout simplement pas comme la plupart des systèmes s’attendent à ce qu’un virus se comporte. »

Contrairement aux agents pathogènes qui apparaissent régulièrement et suivent des schémas discernables, les flambées de Nipah sont rares et très localisées. Elles sont souvent détectées tardivement, a expliqué Karlsson, après que la transmission a déjà eu lieu.

L’Organisation mondiale de la santé a classé le virus Nipah (NiV) comme agent pathogène prioritaire en 2018, en raison de son taux de létalité élevé, de sa transmission zoonotique et de son potentiel pandémique. En l’absence de vaccin approuvé ou de traitement ciblé, et avec des flambées qui restent rares mais imprévisibles, le Nipah continue de représenter un risque sérieux pour la santé mondiale.

Les inquiétudes ont refait surface fin janvier après que les autorités indiennes ont confirmé au moins deux cas de Nipah au Bengale occidental, entraînant un renforcement des alertes dans toute l’Asie du Sud et du Sud-Est.

Au Cambodge, le ministère de la Santé a réagi en renforçant les mesures préventives contre une possible transmission transfrontalière. Le 28 janvier, le ministre de la Santé, Chheang Ra, a inspecté les dispositifs de contrôle sanitaire et les systèmes de réponse d’urgence à l’aéroport international de Techo, aux côtés de responsables de l’aviation, des frontières et de la santé.

Des taux de létalité pouvant atteindre 75 %

Le virus a été identifié pour la première fois lors d’une épidémie en Malaisie en 1998. Depuis, la majorité des cas humains ont été signalés en Inde et au Bangladesh, où les flambées sont sporadiques mais souvent mortelles, avec des taux de létalité estimés par l’OMS entre 40 et 75 %.

La situation est encore compliquée par le cycle zoonotique du virus, profondément influencé par les changements environnementaux. Le Nipah ne suit pas un parcours simple et traçable des animaux vers les humains. Il peut se propager par des aliments contaminés, des environnements partagés et des pratiques humaines quotidiennes, sous l’influence de l’utilisation des terres et des perturbations écologiques.

« Il se situe exactement à l’intersection de l’écologie, de l’environnement et de la santé publique », a déclaré Karlsson. « C’est précisément ce qui le rend si difficile à surveiller. »

La surveillance environnementale est conçue pour fonctionner là où la surveillance clinique ne le peut pas — avant que les personnes ne tombent malades. Les chercheurs analysent les eaux usées, les eaux de surface, le sol, l’air et les surfaces à fort contact à la recherche de l’ARN du virus Nipah, le matériel génétique qui constitue l’empreinte du virus. Il est crucial de noter que cela ne signifie pas que le virus vivant et infectieux est présent.

« Lorsque nous parlons d’ARN, nous ne parlons pas de virus infectieux », a insisté Karlsson. « Détecter du matériel génétique ne signifie pas que quelqu’un peut être infecté à partir de celui-ci. » L’ARN viral peut persister même après que le virus lui-même s’est dégradé, laissant des preuves de sa présence passée dans le système.

Cette distinction est essentielle, a-t-il expliqué, car les détections environnementales sont parfois interprétées à tort comme des signes de flambées actives. Trouver de l’ARN dans l’eau ou dans d’autres échantillons ne signifie pas que des personnes sont actuellement infectées. Cela fournit plutôt des indications sur où et quand le virus a circulé — des informations qui peuvent aider à identifier une augmentation du risque.

« Il ne s’agit pas seulement de santé publique. Il s’agit de la santé animale et de la santé environnementale, toutes se déroulant en même temps. Les signaux environnementaux ne sont pas des diagnostics — ce sont des indices. Ils nous aident à comprendre le risque », a déclaré Karlsson. « La surveillance environnementale fonctionne donc en amont. C’est une couche d’alerte précoce, pas un outil clinique. Elle nous aide à voir un danger potentiel avant que les gens n’arrivent à l’hôpital. »

La durée pendant laquelle le virus Nipah — ou son matériel génétique — persiste dans différents environnements constitue donc une question de recherche cruciale, a ajouté Karlsson, car cette persistance rend la détection précoce possible.

Deux lignées du virus Nipah au Cambodge

La surveillance est encore compliquée par la diversité génétique du Nipah. Le virus possède deux lignées distinctes, chacune associée à des dynamiques de transmission différentes. L’une des lignées a historiquement été liée à des transmissions impliquant le bétail, en particulier les porcs. L’autre est plus souvent associée à une transmission directe de la chauve-souris à l’humain et a été responsable de transmissions interhumaines documentées, notamment dans les établissements de soins où les contacts étroits sont fréquents.

 

Chauve souris du genre Pteropus Photo lonelyshrimp — _Wikipedia

« Ce qui est particulièrement important, c’est que les deux lignées circulent au Cambodge ». Dans certains pays, une seule lignée est présente. Au Cambodge, les chercheurs rencontrent les deux, ce qui augmente les enjeux d’une détection précise.

La surveillance environnementale et des eaux usées repose sur des tests de laboratoire — des analyses conçues pour détecter l’ARN viral. Ces tests doivent être capables d’identifier les deux lignées, a averti Karlsson. S’ils sont adaptés à une seule, des signaux critiques peuvent être manqués. « On finit par créer des angles morts dans le système ».

Si la détection en laboratoire est essentielle, les scientifiques soulignent qu’elle ne peut pas fonctionner seule. Comprendre où le risque émerge nécessite une connaissance détaillée de l’écologie des chauves-souris et des paysages en évolution.

« Tout commence réellement par une vision claire du paysage », a déclaré Farah Ishtiaq, chercheuse principale au Tata Institute for Genetics and Society à Bengaluru, en Inde. « Où se trouvent les chauves-souris, où des flambées ont eu lieu dans le passé, et où les personnes sont infectées — ces informations de contexte comptent plus que nous ne l’admettons parfois. »

Ishtiaq a expliqué que l’approche repose sur une collaboration étroite entre biologistes moléculaires et chercheurs de terrain. Les écologues suivent la saisonnalité des chauves-souris, leurs comportements alimentaires et leurs déplacements entre les gîtes — des schémas de plus en plus façonnés par la fragmentation des forêts, l’expansion agricole et le stress climatique.

« Les changements d’utilisation des terres modifient les endroits où vont les chauves-souris et la manière dont elles interagissent avec les humains », a-t-elle déclaré. « Une grande partie des changements génétiques viraux que nous observons chez les chauves-souris se produit sous ces pressions environnementales. »

Malgré le rôle central des chauves-souris dans l’écologie du Nipah, d’importantes lacunes subsistent. Les chercheurs manquent encore de données complètes sur l’emplacement des gîtes, leur stabilité dans le temps et la manière dont les chauves-souris se déplacent entre eux à mesure que les paysages évoluent. Les études portant sur les interactions entre les chauves-souris, les autres animaux et les environnements partagés et modifiés par l’homme restent également limitées.

« Si nous pouvions combiner les connaissances écologiques avec une surveillance de base, cohérente et continue », a déclaré Ishtiaq, « nous serions dans une bien meilleure position pour anticiper les zones où des flambées sont susceptibles de se produire. »

Prévenir la transmission interespèces, a ajouté Karlsson, nécessite en fin de compte d’intégrer les signaux environnementaux aux réalités sociales. La manière dont les populations cultivent, collectent la nourriture, manipulent les animaux et partagent l’espace avec la faune influence fortement le risque.

Ensemble, ces connaissances permettent des interventions ciblées — une communication sur les risques, des changements de comportement et des stratégies de prévention adaptées aux bons lieux et aux bonnes communautés. Pour un virus aussi insaisissable que le Nipah, les scientifiques estiment que cette combinaison représente la meilleure chance de garder une longueur d’avance, en écoutant les signaux d’alerte précoce non seulement dans les hôpitaux, mais aussi dans les environnements où commence la transmission interespèces.

Par Sonny Inbaraj Krishnan

Avec l'aimable autorisation de Cambodianess qui nous permet d'offrir cet article à un lectorat francophone.