COVID-19 - Omicron qui mal y pense

Par Le Petit Journal Shanghai | Publié le 16/12/2021 à 21:30 | Mis à jour le 17/12/2021 à 11:52
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Pour l’instant les foyers en cours en Chine sont sur la souche Delta, et nous voyons déjà l’impact sur le nombre de foyers et le nombre de cas par rapport aux souches précédentes. Deux premiers cas importés Omicron sont annoncés en Chine. Quels seront les scénarios pour la stratégie zéro-Covid ? Un nouvel éclairage de l’équipe bénévole de Solidarité Covid-Français.

 

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"Honi soit qui mal y pense", la devise en français de la couronne d’Angleterre, qu’on retrouve sur les passeports Britanniques pré et post Brexit. La Grande-Bretagne, terre d’ancrage de la Covid-19…

 

Omicron, d’où viens-tu ?

Les Sud-Africains n’en démordent pas. Ils sont les premiers à avoir séquencé le nouveau variant dans un laboratoire de Johannesburg, mais la mutation ne s’est pas faite dans leur pays. L’incidence fin novembre en Afrique du Sud était très basse derrière une 3ème vague, et nous savons que c’est dans un environnement de forte reproduction du virus que les mutations se font. L’œil se tourne vers le UK, l’ancienne puissance coloniale, qui entretient de nombreux liens linguistiques, commerciaux, liaisons aériennes avec le pays, du fait du profil et de la localisation à Johannesburg des premiers cas séquencés.

 

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Le UK est en 2nde place mondiale pour l’incidence moyenne quotidienne sur le second semestre 2021. Le virus y circule fortement en permanence depuis la vague Delta.  Levée des restrictions mi-juillet, suivi de la coupe d’Europe de football qui a généré un pic de contaminations. Données au 15/12/2021

 

Le variant Alpha était d’ailleurs "né" en Grande-Bretagne en septembre 2020, et il est possible que le variant "Delta" dit "Indien" soit apparu en Inde importé par des résidents Indiens ou d’origine indienne du UK ayant profité du confinement de janvier 2021 pour retrouver leurs familles en Inde avant de repartir en catastrophe lors de l’explosion du variant retrouver leur travail au UK.

 

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Afrique du Sud, Inde et UK ont connu des pics de vagues Delta décalées. Le UK est le seul pays à avoir conservé une forte incidence au-dessus des 400 après le pic de la vague Delta, un environnement propice au développement de mutations… Données au 15/12/2021

 

En Europe, on parle de séquençage des cas positifs venus de pays rouges, mais on ne séquence pas rétroactivement des cas positifs datant de plusieurs semaines qu’on a classés peut-être rapidement en Delta… Omicron en est au 12 décembre à 3.7% des cas positifs au Danemark.

 

Omicron l’Omnivore

S’il ne semble pas déclencher plus de formes graves que Delta même sur une population non vaccinée, Omicron est farouchement contagieux. Nous avons pu le constater à Hong Kong où un voyageur en quarantaine a contaminé son voisin de quarantaine, dans la chambre d’hôtel d’en face, le temps de prendre son plateau repas avec ou sans masque, tous les deux doublement vaccinés ARN… Nous pouvons le constater en Afrique australe où les bonds en nombre de cas sur 30 jours sont abyssaux, nous savons néanmoins que le reporting est très irrégulier dans les pays limitrophes de l’Afrique du Sud et que les dépistages ont pu être remis en place récemment.

 

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Indicateurs à 30 jours sur les territoires d’Afrique australe. Pour l’instant les décès sont en recul dans la plupart des pays qui connaissent de fortes hausses en nombre de cas, mais toujours avec des incidences faibles par rapport à ce qu’on observe en Europe, du fait de capacités de tests réduites.

 

Au UK, nous en sommes à probablement un mois du début de la vague, Omicron représente 40% des cas positifs à Londres et 20% sur l’Angleterre, la triple vaccination bien avancée protège d’une hausse de la réanimation et des décès.

 

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Au printemps, on avait vu les décès au UK augmenter à partir de 3 semaines après la remontée des cas. Avec Omicron, nous n'avons pas encore cette observation avec Omicron au UK triple vacciné à 35%. CovidFlow au 15/12.

 

Même s’il causera proportionnellement moins d’hospitalisations et de décès sur une population fortement vaccinée, et même sur une population peu vaccinée comme en Afrique australe, pour les quelques points de protection en moins, cela fera des hospitalisations et des décès supplémentaires, inéluctablement.

 

Omicron contre la Grande Muraille de Chine

Quels scénarios pour l’arrivée d’Omicron dans les foyers locaux à venir en Chine ? Vu la multiplication des foyers locaux aux frontières/chaîne du froid/post quarantaine, on peut s’attendre à ce que des prochains foyers locaux soient Omicron, lorsque ce variant sera devenu majoritaire dans les pays limitrophes…

Deux inconnues pour évaluer le scénario le plus probable : 

1) la durée d’incubation d’Omicron vs Delta ou plutôt la fréquence des cas avec longue durée d’incubation;

2) quand démarre la contagiosité par rapport à Delta, avant ou à partir du PCR positif… 

 

Même si la majorité des cas testent positif rapidement après le contact, nous avons constaté sur les foyers Delta en Chine de multiples cas contact avec des PCR négatifs pendant 5 à 12 jours avant de virer positif, c’est indéniable et plus facilement mesurable en "Chine covid-free" que partout ailleurs puisque dans les exemples ci-dessous, il n’y avait pas d’autre cas dans la ville.

 

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Le tableau de suivi des clusters que les followers réguliers de Solidarité Covid – Français de Chine retrouvent dans notre post quotidien sur 3 foyers récents de Chine continentale : sur ces extraits, des cas de tests positifs tardifs qui auraient pu épargner des sous-foyers de plusieurs dizaines de cas si le PCR avait été positif plus tôt. Il y a également le foyer de 21 cas en 26 jours de Erenhot en Mongolie Intérieure qui a livré un dernier cas déjà à l’isolement 8 jours après le cas précédent.

 

Il faut se mettre dans la dynamique chinoise, avec verrouillage immédiat dès l’apparition des cas et dépistage tous les quelques jours des cas contact. Quand Omicron fera irruption dans la communauté, si le PCR est positif plus rapidement que Delta, ce qui pourrait expliquer la hausse vertigineuse des cas en Europe/Afrique australe associée à une faible pathogénicité, les cas supplémentaires potentiellement liés à la forte contagiosité du variant seront compensés par les cas liés à une incubation tardive qu’on aura épargnés. Donc probablement pas plus de cas par foyer…

Maintenant, aura-t-on plus de foyers ? Nous avons constaté une multiplication conséquente du nombre de foyers avec Delta… Cette hausse du nombre de foyers a entraîné un train de mesures drastiques avec renforcement des contrôles sur la chaîne du froid qui étaient déjà très stricts depuis fin 2020 avec des dizaines d’entreprises épinglées pour non-respect des procédures. 

Avec la multiplication des foyers frontaliers, il est recommandé maintenant des dépistages plus fréquents sur les personnels exposés (tous les 2-3 jours), et un management en "closed loop" des professions liées au fret frontalier. Cela veut dire que ces personnels enchaîneront des périodes de travail en dortoirs "bulles" sans contact avec la communauté, des périodes de quarantaine, et des périodes de repos auprès de leurs familles, tout comme les cosmonautes des aéroports affectés aux arrivées internationales, pas très réjouissant comme rythme de vie… Nous pouvons espérer que ce qui sera bon pour contrer Delta le sera aussi contre Omicron…

 

Omicron : Voyage au bout des Nouvelles Routes de la Soie

Du côté du planning des vols et des cas importés, à quoi s’attendre ? Du premier cas importé en Chine le 9 décembre, nous n’avons pas eu d’autres cas positifs dans l’avion en provenance de Varsovie. Comme pour tous les vols vers la Chine, tous les passagers avaient d’ailleurs dû présenter un test négatif réalisé dans un laboratoire agréé par l’ambassade de Chine en Pologne…. 

Idem pour le premier cas de Hong Kong le 27 novembre (9 cas à date), pas d’autre cas dans le vol en provenance de Johannesburg. Pour le cas de Guangzhou en 3ème semaine de quarantaine, pas de cas parmi les 184 cas contacts avec un traçage renforcé qui remonte aux voisins de l’avion des presque 3 semaines précédentes remis en quarantaine. Ceci induisant que les cas éventuellement croisés sur le chemin de l’hôtel et dans la chambre de quarantaine auraient été séquencé et pas d’Omicron…. Pas représentatif mais sur deux cas à date, nous en avons un avec très longue incubation…

Si la contagiosité du variant démarre au moment où le PCR est positif, nous n'aurons pas plus de cas dans les vols, et donc pas plus de suspension de vols...

 

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Le nombre de cas importés confirmés actifs (hospitalisés en unité Covid) depuis Octobre 2020 a suivi, avec beaucoup moins d’amplitude du fait du mécanisme de circuit breaker, les vagues Alpha et Delta. Pour les cas en entrée aérienne ou maritime sur les cargos, on observe une forte chute depuis septembre 2021 et la vaccination de la majorité de la population jeune susceptible de voyager. Le nb de cas actifs (reflet de la durée d’hospitalisation) a aussi tendance à diminuer alors que le nb de nouveaux cas est stable. Données au 15/12.

 

Par contre, nous risquons d’avoir des vols vidés par le nombre de cas positifs avant le départ, vu l’incidence galopante attendue avant/après Noël dans notre pays qui nous manque tant et tant d’autres… 

Si vous êtes de ceux qui sont résolus à faire l’aller-retour après 2 ans de séparation d’avec la famille, plusieurs choses à savoir :

1) faire un test antigénique en pharmacie avant de se présenter pour le test fatidique pré-embarquement dans le laboratoire agréé. En effet, la procédure pour les candidats au départ déjà infectés est lourde (scanner validé par l’ambassade, période d’isolement même si réalisée à l’étranger, ce ne sera pas la même contrainte). Aux USA on vous demande de retenter votre chance dans 6 mois… 

2) Pour une personne guérie de la Covid, vaccinée avec un virus inactivé, les anticorps développés par l’infection sont les mêmes que ceux du vaccin, 

3) pour une personne vaccinée ARN récemment la durée de positivité du test PCR est souvent courte, on le voit sur les cas importés d’Europe qui parfois sont déclarés guéris au bout de 10 jours (i.e. test négatif 2 jours de suite) et qui pourraient expliquer une légère baisse du nombre de cas actifs sur les provinces non touchées par les entrées terrestres.

4) ne pas compter sur le Père Noël pour vous offrir un code vert pour le retour, la prudence et gestes barrière restent de mise quoi qu’il en soit, tout le long du séjour et du long voyage retour au bout des Nouvelles Routes de la Soie.

 

Un éclairage de Carole Gabay

Carole Gabay est en expatriation familiale à Shanghai depuis 2013. Diplômée de l’ESSEC, avec une longue carrière dans les études de marché et data management, elle se retrouve impliquée dès le début de l’épidémie en Chine dans le tracking des données Covid avec le projet de l’équipe bénévole Solidarité Covid – Français de Chine.


Pour les analyses régulières, les articles, interviews :

Site Internet: https://deeperin19coviddata.wordpress.com/

Solidarité Covid – Français de Chine est une association établie en France, mais elle n’est pas éligible au dispositif ministériel de Soutien au Tissu Associatif des Français de l’Etranger (STAFE) dont les critères restent figés malgré la pandémie. 

Manifestez votre soutien et faites connaître notre travail de recherche à titre individuel sur l’opération de crowdfunding :

Depuis la Chine, sur Yoopay: https://yoopay.cn/cf/10190

Hors de Chine: https://deeperin19coviddata.wordpress.com/donate/

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Guillaume Asmanoff et Thomas Aunave

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