Covid 19 : La prochaine variante inquiétante pourrait provenir de Chine

Les chercheurs craingnent que l'augmentation massive des infections à coronavirus en Chine déclenche immédiatement l'émergence d'une nouvelle variante inquiétante.

 

Une immunité plus répandue pourrait pousser le virus SRAS-CoV-2 à trouver des moyens d'échapper à cette protection immunitaire. Il reste essentiel de suivre les variantes, mais les scientifiques se demandent à quelle vitesse la prochaine variante préoccupante sera détectée alors que de nombreux pays réduisent leurs efforts de surveillance.

 

Lorsque la Chine a brusquement abandonné sa politique de zéro COVID en décembre, la majeure partie de sa population était peu immunisée contre la variante Omicron dominante en circulation dans le monde.

 

La Chine redouble néanmoins d'efforts pour surveiller les variants qui circulent dans sa population et a annoncé son intention de demander à trois hôpitaux de chacune de ses 31 provinces de séquencer génétiquement, chaque semaine, des échantillons de virus prélevés sur 15 patients externes, 10 personnes atteintes de COVID-19 sévère et toutes les personnes décédées de COVID-19. Mais les experts sont divisés sur la question de savoir si ces plans seront suffisants pour détecter rapidement une variante inquiétante qui pourrait provoquer de nouvelles vagues d'infection et de décès, en partie parce que de nombreux autres pays ont réduit leur surveillance génomique.

 

Toutefois, le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies a appelé les pays européens à mettre en place des tests aléatoires sur les voyageurs en provenance de Chine et à séquencer le virus à partir de tous les échantillons positifs, afin de pouvoir détecter les variantes émergentes. D'autres pays, dont les États-Unis, le Japon et l'Australie, ont également mis en place des mesures de surveillance des voyageurs en provenance de Chine.

 

Suivre un virus

 

Les pays suivent les variantes en séquençant constamment une partie des infections connues et en partageant ces séquences dans des dépôts publics. Au cours des deux premières années de la pandémie, la plupart des organismes de santé publique ont procédé à un séquençage ciblé, en surveillant les personnes qui avaient été hospitalisées pour le COVID-19 dans le but de détecter de nouveaux variants susceptibles de provoquer une maladie plus grave. Les virus prélevés chez des personnes immunodéprimées, qui peuvent être infectées pendant des semaines ou des mois, ont également été séquencés, car les infections prolongées peuvent donner naissance à des virus fortement mutés.

 

Dans une étude, les chercheurs ont conclu que les pays devraient s'efforcer de séquencer 0,5 % des cas de COVID-19 et de partager ces données dans les 21 jours suivant la collecte des échantillons. Cela leur donnerait une probabilité de 34 % de détecter une nouvelle lignée avant qu'elle n'infecte 100 personnes.

 

L'étude, qui a également examiné les efforts de séquençage dans 189 pays jusqu'à la fin de février 2022, a révélé qu'au cours des deux premières années de la pandémie, 78 % des pays à revenu élevé ont séquencé plus de 0,5 % de leurs cas de COVID-19, certains, dont le Danemark, le Japon et le Royaume-Uni, séquençant systématiquement plus de 5 % des cas chaque semaine.

 

Mais le paysage des tests a radicalement changé au cours de l'année écoulée. Le dépistage à grande échelle au sein de la population était possible dans des pays comme le Royaume-Uni, car les chercheurs pouvaient utiliser des échantillons recueillis dans des centres communautaires de dépistage par PCR. Mais dans de nombreux pays, les autorités n'offrent plus de tels services en raison de leur coût et de la baisse de la demande. De plus, les gens choisissent de plus en plus de faire des autotests, d'utiliser des tests antigéniques rapides ou de ne pas faire de test du tout. Cela signifie que la détection des nouvelles variantes devient de plus en plus difficile partout.

 

Un signal d’alarme

 

Les experts recherchent des mutations dans la protéine du SRAS-CoV-2, qui permet au virus de pénétrer dans les cellules hôtes et constitue la principale cible des réponses immunitaires de l'organisme. Un bond du nombre de mutations dans une nouvelle variante est une chose à surveiller. La variante Omicron, qui est apparue pour la première fois dans une séquence provenant du Botswana, comportait plus de 30 mutations dans sa protéine de pointe.

 

L'Organisation mondiale de la santé (OMS) ne désigne une nouvelle "variante préoccupante" que si elle parvient mieux à échapper aux protections existantes du système immunitaire, si elle provoque une maladie plus grave ou si elle est beaucoup plus transmissible que les variantes actuellement en circulation.

 

Non seulement Omicron contenait de nombreuses mutations, mais il est rapidement devenu une variante dominante dans la population, ce qui suggère qu'il se propageait plus rapidement que les autres variantes de la communauté et qu'il leur faisait concurrence. L'OMS a désigné Omicron comme une variante préoccupante quelques jours après que les chercheurs sud-africains eurent alerté la communauté internationale de la propagation rapide de la variante. Mais cela s'est produit près de trois semaines après le dépôt de la première séquence Omicron dans le GISAID.

 

La variante Delta a été désignée comme une variante préoccupante en mai 2021, sept mois après la collecte du premier échantillon connu en Inde. Le premier signe de la présence d'une nouvelle variante préoccupante a été une augmentation rapide du nombre de cas, d'hospitalisations et de décès en Inde au début de 2021. Il s'agit de faire le lien entre le nombre de cas et la génétique autant que possible.

 

Attendre et voir

 

Jusqu'à présent, la plupart des séquences que la Chine a soumises depuis le début du mois de décembre appartiennent à des sous-variants Omicron déjà en circulation ailleurs. Il existe cinq nouvelles lignées - descendantes de ces sous-variants - mais il est peu probable qu'elles prennent pied en dehors de la Chine, en raison de l'immunité préexistante.

 

Toutefois, en raison de la diminution de la surveillance de la population en dehors de la Chine, il est plus probable qu'une variante qui émerge en Chine ne soit pas détectée dans un premier temps.

 

Il existe une crainte également que la Chine ne partage pas suffisamment ses séquences. Lors d'une réunion du 3 janvier du groupe consultatif technique de l'OMS sur l'évolution des virus, des scientifiques du Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies ont présenté des données basées sur plus de 2 000 génomes collectés et séquencés depuis le 1er décembre 2022. Mais seul un quart environ de ce nombre - 564 séquences - a été téléchargé dans la base de données au cours de la même période. Aucun nouveau variant n'a été détecté en Chine pour l'instant.